Xudadat bəy Ələkbər bəy oğlu Rəfibəyli -1877-ci il yanvarın 12-də Rusiyanın işğalından sonra adı dəyişilərək Yelizavetpol edilən Gəncə şəhərində əsilzadə ailəsində doğulub. O, Gəncənin məşhur Rəfibəylilər nəslindəndir. Atası Ələkbər bəy Rəfibəyli maarifçi, Azərbaycanda ilk siyası partiya olan Difai partiyasının yaradıcılarından olmuşdur. Xudadat bəy Gəncə gimnaziyasını bitirdikdən sonra təhsilini Xarkov İmperator Universitetinin Tibb fakültəsində davam etdirən Xudadat bəy Rəfibəyli 1904-cü ildə oranı bitir. Həmin universitetin qospital-klinikasının cərrahiyyə şöbəsində 3 il ordinator işləyir. Xarkovda oxuyarkən tələbə dostları ilə birlikdə "Həmyerlilər" dərnəyini qurur.O, Xarkov Tibb Universitetini bitirdikdən sonra 17 il Gəncə xəstəxanasının baş həkimi və Həkimlər Cəmiyyətinin sədri kimi çalışır.
1907-ci ildə o, təcrübəli həkim kimi Gəncəyə qayıtdı və Yelizavetpol şəhər idarəsinin təqdimatı ilə 6 nömrəli şəhər müalicəxanasının direktoru vəzifəsinə təyin olundu. 1909-cu ildə fəaliyyəti, xidmətləri nəzərə alınaraq titulyar müşavir, 1910-cu ildə kollej asessoru, 1912-ci ildə saray müşaviri rütbələri verilib və 1909-cu ildən Gəncə Mahal Məhkəməsində fəxri barışıq hakimi təyin edilib.Xudadat bəy gəncəlilərin təkidi ilə daha sonralar şəhər qubernatorunun vəzifəsinin icrasına başlayandan sonra da həkimlik fəaliyyətini davam etdirirdi.
Xudadat bəy "Yelizavetpol Tibb Cəmiyyəti" yaratmışdı və bu cəmiyyətin üzvləri Gəncə yoxsullarına pulsuz tibbi yardım göstərirdilər.
Xudadat bəy Azərbaycan Cümhuriyyətinin Səhiyyə və Sosial Təminat Naziri təyin edildikdən sonra onun bütün diqqəti Azərbaycanda səhiyyə ocaqlarının artırılmasına, epidemiya və digər xəstəliklərlə mübarizəyə həsr edildi. Onun göstərişi ilə ölkə ərazisində pulsuz müalicə göstərən bir neçə xəstəxana açıldı, kənd yerlərində yeni müalicəxana və feldşer məntəqələrinin tikintisinə başlandı, ekspertizalar üçün laboratoriya təşkil olundu. Gəncə yaxınlığındakı Zurnabad kəndində taun əleyhinə stansiya yaradıldı.
Xudadat bəy Rəfibəyli 1918-1920-ci illərdə fəaliyyət göstərən Azərbaycan Demokratik Cümhuriyyətinin qurucularından biri olmuşdur. 1918-ci ildə Gəncədə ilk müstəqil Azərbaycan Cümhuriyyəti qurulan zaman Xudadat bəy Fətəlixan Xoyskininhökumətində ilk 6 oktyabra qədər Səhiyyə və Sosial Təminat naziri olmuşdur. 1918-ci ilin dekabrında Xoyskinin hökuməti istefa verdi və Xudadat bəy ölkənin Səhiyyə Naziri vəzifəsini tərk etdi.
Gəncə əhalisinin ciddi təkid və tələblərindən sonra 1919-cu ildə Xudadat bəy Gəncə quberniyasının general-qubernatoru vəzifəsinə təyin edildi. Bir il sonra Sovet Ordusunun Azərbaycana müdaxiləsi zaman həbs edilən Xudadat bəy istintaq zamanı bunları demişdi:
"Quberniyanı idarə etməyə başlayarkən məndən tələb olunmuşdu ki, əmin-amanlıq yaradım. Görülən tədbirlər nəticəsində bütün quberniyadan quldur dəstələri təmizləndi və ləğv olundu, onların bəzi başçıları öz ayaqları ilə gəldilər, məhkəmə tədqiqatına və istintaqa qədər pulla zaminə buraxıldılar. Nəticədə xeyli sakitlik yaramağa başladı".
1920-ci aprelin 28-də Azərbaycanda Sovet hakimiyyəti quruldu. Aprelin 30-da Xudadat bəy Gəncə qeneral-qubernatorluğu vəzifəsindən istefa etdi. 1920-ci il mayın 12-də həbs edilib Bakıya aparıldı. O, Gəncə üsyanının təşkilində ittihamlandırılırdı.Gəncənin ilk və son müsəlman qubernatoru Xudadat bəy Rəfibəyli iyunun 1-də gizlicə Xəzərin kiçik bir adasına aparılaraq güllələndi.