Çingiz Fuad oğlu Mustafayev 29 avqust 1960-cı ildə Həştərxan vilayətinin Vladimirovski rayonunun Kapustin-Yar kəndində Fuad və Naxış Mustafayevlərin ailəsində anadan olmuşdur. 1964-cü ildə ailəsi ilə Bakı şəhərinə köçmüşdür. Atası onu hərbçi görmək istədiyindən, Çingizi Cəmşid Naxçıvanski adına hərbi liseyə yollayır. O, burada 3-cü sinifdən 10-cu sinfə qədər təhsil alır. Lakin sonradan hərbi məktəbi tərk edib, orta məktəbə daxil olmuşdur. 1977-ci ildə Yasamal rayonunda 167 saylı məktəbi bitirmişdir.
İslahatçı-novator olan Çingiz Mustafayev 1970-ci illərdə SSRİ-də və Azərbaycanda ilk disko-klubun yaradıcısı olmuşdur. O, Azərbaycanın ilk DJ-i kimi tanınır. 1981-ci ilin sentyabr ayında, Mustafayevin başçılığı altında, 12 nəfərdən - "light DJ" və "texnik"lərdən ibarət olan “3M” adlı qrup yaratmışdır. Anası onu həkim görmək istədiyindən, Çingiz Mustafayev 1977-ci ildə Azərbaycan Tibb İnstitutuna daxil olur, 1983-cü ildə institutu müvəffəqiyyətlə bitirir.Təhsilini başa vuran Çingiz Mustafayev təyinatla Dəvəçi rayonunda (indiki Şabran) üç il həkim işləmişdir. Tibb İnstitutunu bitirdikdən sonra, o, İnşaat Mühəndisləri İnstitutunun yataqxanasına baş həkim təyin edilir.

1983-cü ildə dünyada ilk dəfə olaraq Azərbaycan dilində "Dünənki keçdi" rep janrlı mahnısını səsləndirib. 1985-ci ildə yaratdığı "Cəngi" birliyindəki fəaliyyəti Azərbaycan gəncləri arasında populyarlıq qazanır. Birlik Sovet İttifaqında başlanan yeniləşmə prosesinin Azərbaycanda təşəkkül tapan ilk yetkin təzahürü idi. 1990-cı illərdə Azərbaycan televiziyasında "Ekspromt" verilişinin və "Ozan" rok qrupunun yaradıcısı olmuşdur. 1988-ci ildə rejissor Vaqif Mustafayevin "Yaramaz" bədii filmində çəkilib. 1990-cı il 20 yanvar hadisələri zamanı Çingiz Mustafayev klinikanı terapevt mərkəzi kimi istifadə edib. 1991-ci ilin noyabrından jurnalist və Azərbaycan Dövlət Televiziyasında reportyor kimi fəaliyyət göstərmişdir. Amma Çingiz Mustafayev Azərbaycan miqyasında fəaliyyət göstərməklə kifayətlənmir. Onun reportajları informasiya blokadasında olan Azərbaycan haqqında həqiqətlərin ABŞ və Avropanın aparıcı teleagentlikləri və televiziyalarına yol tapır. Dövlət televiziyasında mövcud olan senzura və ciddi qadağalar Çingizi geniş fəaliyyət imkanlarından məhrum edirdi. Ona görə də Çingiz, əlahiddə olaraq, "215 KL" studiyası kimi muxtar qurumun yaradılmasının təşəbbüskarı və yaradıcısı olur. Onun reportajları bir qayda olaraq cəbhədən olduğundan, tamaşaçılar "215 KL" studiyasını məhz müharibədən məlumat verən telequrum kimi qəbul edirdilər.

Ölkənin döyüş gedən bütün bölgələrindən operativ xəbərlər, ayrı-ayrı əsgərlər haqqında xüsusi reportajlar və bütün bunlarla yanaşı, Azərbaycanda gedən siyasi proseslər barədə ətraflı informasiyalar onun müəllif yaradıcılığı idi.

Çingiz Mustafayev səkkiz ay ərzində Qarabağ müharibəsi haqqında 18 sənədli film çəkmişdir. O, döyüş zonalarına yalnız reportyor kimi yollanmırdı. Çingiz Mustafayev cəbhədə bir əsgər, zabit və hətta komandan kimi çox vəzifəni öz üzərinə götürürdü. Laçından çıxan əsgərlərlə onun geri qayıtmaq bərədə verdiyi kəskin və qısa göstərişlər, bu əmrlərin yerinə yetirilmədiyi təqdirdə Çingizin emosional davranışı teletarixin dramatik səhifələri kimi yadda qalmışdır. Çingiz Mustafayev Azərbaycan tamaşaçısına hər bir reportajı ilə tanış olsa da, dünya onu daha çox Xocalıda çəkdiyi filmlə tanıdı. Çingiz Mustafayevin məhz bu filmi ilə Ermənistanın reputasiyası bütün dünyada ciddi sarsıntıya məruz qaldı.
Çingiz Mustafayev 1992-ci ilin iyun ayının 15-də Xocalı rayonunun Naxçıvanik kəndində çəkiliş zamanı aldığı mərmi qəlpəsindən həlak olur. Belə ki, minaatandan açılan atəş zamanı Çingiz Mustafayev ağır yaralanır, onun sağ ayağının bud sümüyündən arterial damar zədələnir və o, sürətli qanaxmadan döyüş meydanında şəhid olur. Lakin Çingiz Mustafayevin kamerası çəkməkdə davam edir... 1992-ci ildə Bakıda Şəhidlər Xiyabanında dəfn edilir.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 6 noyabr 1993-ci il tarixli 294 saylı fərmanı ilə Çingiz Fuad oğlu Mustafayev ölümündən sonra "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adına layiq görülmüşdür.

Çingiz Mustafayevin Bakıda yaşadığı binanın önündə barelyefi vurulub. Cəmşid Naxçıvanski adına hərbi liseydə büstü qoyulub. Azərbaycan Respublikası Daxili İşlər Nazirliyinin Şüvəlanda yerləşən uşaqlar üçün yay düşərgəsi, Bakı küçələrindən biri, ANS ÇM radiostansiyası, "Palmali" Şirkətlər Qrupuna məxsus tanker onun adını daşıyır. 1996-cı ildə "Dəyirman" qrupunun sayca ikinci olan "Qurd" albomundan olan "Ya Qarabağ, ya ölüm" mahnısı Çingiz Mustafayevin Xocalı soyqırımı haqqında çəkdiyi filmlə remiks olunub.
2010-cu il avqustun 28-də ABŞ-ın CNN telekanalı Çingiz Mustafayevin həyat və yaradıcılığına, onun lentə aldığı Xocalı faciəsinə dair reportaj yayımlayıb. 2011-ci ilin 31 avqustunda Almaniyada 3 min nüsxə ilə Çingiz Mustafayevin təsviri olan poçt markası buraxılıb. Şahdağda 4062 metr hündürlükdə yerləşən və 2000-ci ildə fəth olunan zirvəyə "Çingiz zirvəsi" adı verilib. Zirvədə onun adının həkk olunduğu lövhə var.

1999-cu ildən Çingiz Mustafayev adına fond fəaliyyət göstərir. Atası Fuad Mustafayev fondun prezidenti olub. Fond “İlin adamı” mükafatı təsis edirb. Fondun təşəbbüsü ilə Şəkidə “Çingiz Mustafayev adına Klub” yaradılıb.