Abbasqulu ağa Bakıxanov 1794-cü il iyunun 21-də Bakı şəhəri yaxınlığında Əmircan (köhnə adı Xilə) kəndində Bakı xanları nəslindən olan II Mirzə Məhəmməd xanın ailəsində anadan olub. Səkkiz yaşına qədər Bakıda yaşayıb, uşaqlığının ilk dövrünü Abşeronun Əmircan, Maştağa, Balaxanı, Ramana kəndlərində keçirib.

Atası xanlıq taxtı uğrunda mübarizədə öz əmisi oğlu Hüseynqulu xana uduzduqdan sonra məcburiyyət qarşısında qalaraq ailəsi ilə birlikdə Qubaya, vaxtı ilə yaxın qohumu olan Fətəli xanın bağışladığı Amsar kəndinə köçməli olub. 1819-cu ildə Abbasqulu ağa general Yermolovun dəvəti ilə Tiflisə gələrək Qafqaz Baş Hərbi İdarəsində şərq dilləri tərcüməçisi vəzifəsinə təyin olunub.

Azərbaycan elmi tarixində özünəməxsus yer tutan Abbasqulu ağa Bakıxanov "Qanuni-Qüdsi", "Əsrarül-mələküt", "Təhzibül-əxlaq", "Eynül-mizan", "Gülüstani-İrəm" kimi əsərləri ilə böyük şöhrət qazanıb. Dil, coğrafiya, tarix, astronomiya, məntiq, psixologiya və digər elmlərə aid əsərləri onun hərtərəfli bir alim olduğunu göstərir.

Həmçinin Amerikanın kəşfindən və bu qitədən bəhs edən “Kəşfül-qəraib” və dövrümüzə gəlib çatmayan “Ümumi coğrafiya” əsərlərinin müəllifidir. Bakıxanov pedaqoji məsələlərlə də məşğul olub, uşaqların və gənclərin tərbiyəsi ilə əlaqədar mülahizələrini "Təhzibül-əxlaq" əsərində qələmə alıb. O, dərin əxlaqi-fəlsəfi məzmuna malik olan bu əsərində cəmiyyət haqqındakı fikirlərini bir sistem şəklində şərh edərək, gənclər arasında nəcib əxlaq normalarını təbliğ edib.

Alimin ən dəyərli əsəri isə, heç şübhəsiz uzun illər boyu apardığı ciddi tədqiqatlar nəticəsində ərsəyə gəlmiş "Gülüstani-İrəm" əsəridir. Bu əsərlə o eyni zamanda Azərbaycan tarixşünaslığının əsasını qoyub. Azərbaycan və Dağıstan xalqlarının tarixindən bəhs edən "Gülüstani-İrəm" faktlarla olduqca zəngindir. Müəllif əsəri yazarkən bir sıra arxeoloji tədqiqatlar aparmış, tarixi abidələrdən, köhnə binaların qalıqlarından, sikkələrdən, padşahların və xanların fərmanlarından, milli əfsanələrdən, dini kitablardan, "Avesta"dan, yaşlı nəslin nağıl və rəvayətlərindən, səyyahların yol qeydlərindən, gürcü və ləzgi salnamələrindən, çoxlu şərq mənbələrindən, qədim yunan, qədim Roma, Azərbaycan, Rus alimlərinin əsərlərindən istifadə etmişdir.

Əsərin müqəddiməsində Azərbaycanın və Dağıstanın qısa coğrafi təsviri verilir, qədim yunan, ərəb və rus mənbələrinə istinad edilərək bu ölkələrin xalqlarının mənşəyi, dili və dinləri haqqında maraqlı məlumatlar yer alır. "Gülüstani-İrəm" əsəri özündə Nuhun tufanı, Yəcuc və Məcuc, skiflər, massagetlər, xəzərlər, Sasani hökmdarlarının Azərbaycandakı hakimiyyəti, İslam dövlətinin yaranması, ərəb qoşunlarının Azərbaycana gəlməsi, həmin dövrlərdə Şirvan və Dağıstanda baş verən hadisələr, monqol istilası, hülakülərin və teymurilərin hakimiyyəti, Səfəvi dövlətinin yaranması, Şirvanşahlar sülaləsi, "Gülüstan" adlı yerdə Rusiya və İran arasında sülh müqaviləsinin bağlanmasına qədər olan geniş bir tarixi dövrü əhatə edir. Bakıxanov 1828-ci ildə Türkmənçay müqaviləsinin imzalanması mərasimində tərcüməçi kimi iştirak edib. Qüdsi təxəllüsü ilə şeirlər yazıb.

Görkəmli alim 1847-ci ildə Məkkədən Mədinəyə gedərkən vəba xəstəliyindən vəfat edib və Vadiyi-Fatimə adlanan yerdə dəfn olunub.