Axundov Vəli Yusif oğlu 1916-ci ildə Bakı şəhərində anadan olmuşdur. Azərbaycan Döv­lət Tibb İnstitutunu bitirmişdir (1941).
O, tibb üzrə fəlsəfə doktoru (1955) və elmlər doktorluğu (1964) disserta­siyaları mü­dafiə etmişdir. Azərbaycan EA-nın həqiqi üzvü (1969) seçilmişdir.

V.Axundov institutu bitirdikdən sonra hərbi xidmətə çağırılmış, əvvəlcə hə­kim (1941-1942), sonra tibbi sanitar batalyo­nu­nun komandiri (1942-1946) olmuş­dur. Azərbaycan Dövlət Tibb Universite­tində assis­tent (1952-1953), ET Virusologiya, Mikrobiologiya və Gigiyena İnstitutu­nun direktoru (1953), Res­pub­likanın səhiyyə nazirinin birinci müavini, nazir (1953-1958), Azərbaycan KP Mərkəzi Komitəsinin katibi, Respublika Nazirlər Sovetinin sədri (1953-1959), Azərbaycan KP MK-nin birinci katibi (1959-1969), Azərbaycan SSR EA-nın vitse-prezidenti (1969-1972), ET Virusologiya, Epi­demiologiya və Gigiyena İnstitutu­nun direktoru (1972-1986) vəzifələrin­də çalışmışdır.

Onun elmi fəaliyyətinin əsas istiqaməti müxtəlif şəhər və rayon mər­kəz­lərində sanitar-epidemioloji vəziyyətin tədqiqi, texnoloji, sosioloji tibbi və s. əsas xarakter və göstəricilərinin müəyyən edilməsi, mənfi xüsusiyyətlərin aradan qaldırılması tədbirlərindən ibarət olmuşdur. Onun bu sahədə Gəncə şəhərinin sanitar-gigiyenik vəziyyəti və Bakının əsasən neftlə çirklənmiş ərazilərində apardığı tədqiqatların metodikası SSRİ-nin çirklənmiş ərazilərində insanların yaşaması üçün nümunə sənədləri kimi əksər şəhər mər­kəzləri üçün təsdiq edilmişdir. Alim SSRİ-də ilk Gigiyenik-epidemioloji kiber­netik laboratoriya təşkil etmişdir.

V.Axundov Azərbaycanda su təchizatı sisteminin təşkili məsələsi ilə xüsusi maraqlanmışdır. O, qeyd edirdi ki, içməli su təchizatı gigiyenik və epi­demioloji əhəmiyyətli, vacib və çətin həll olunan problemdir. Keyfiy­yət­siz içməli sudan istifadə əhali arasında bir sıra yoluxucu xəstəliklərin yayıl­masına səbəb ola bilər. Bu baxımdan respublikamızda sututarlarının sanitar vəziyyətinin öyrə­nilməsi, su hövzələrinin sənaye müəssisələrinin tullantı suları ilə çirklənməsi­nin qarşısının alınması, eləcə də sututarlarının sanitar mühafizəsinin tələb olu­nan səviyyədə təşkili məqsədilə tədbirlərin həyata keçirilməsi istiqamətində akademik V.Axun­do­vun rəhbərliyi altında çox­saylı elmi tədqiqat işləri apa­rılmışdır.

Akademik V.Axundov 300-dən artıq elmi əsərin, o sıradan 6 mono­qra­fiya və 11 kitabçanın müəllifi olmuşdur. Onun elmi rəhbərliyi və məsləhət­çiliyi ilə 4 elmlər doktoru və 5 fəlsəfə doktoru dissertasiyası müdafiə edilmişdir.

Alimin elmi ictimai fəaliyyəti geniş diapazonlu idi. O, SSRİ Tibb Elmləri Akade­miyasının “Yaşayış evlərinin gigiyenasının elmi əsasları” Problem Ko­mis­siyasının üzvü (1974), Ümumittifaq Elmi-tibbi texnika idarəsinin büro üz­vü, “Həyat və sağlamlıq şəraitinin öyrənilməsi üzrə Beynəlxalq Tibbi Assosia­siyası”nın SSRİ Milli Komitəsinin üzvü (1975), Azərbaycan Gigiyenistlər və sanitar həkimlər Cəmiyyə­tinin sədri və s. vəzifələri icra etmişdir.

Akademik V.Axundov çoxillik hərbi, elmi, elmi-təşkilati və ictimai fəaliyyə­tinə görə dövlət və ictimaiyyət tərəfindən yüksək qiymətləndirilmış, ”Lenin”, “Vətən müharibəsi”, “Qırmızı Ulduz” və bir sıra başqa orden və medallarla, Fəxri Fərmanlarla təltif olunmuşdur.

Akademik Vəli Axundov 22 avqust 1986-cı ildə vəfat etmişdir.