Əliağa Şıxlinski 1863-ci il mart ayının 3-də Yelizavetpol (Gəncə) quberniyasının Qazax qəzasının Qazaxlı kəndində anadan olmuşdur. Anası Şah Yəmən xanım Qayıbova Azərbaycan ədəbiyyatının korifeylərindən biri olan unudulmaz şairimiz Molla Vəli Vidadinin nəvəsi idi.

1883-cü ildə orduda hərbi xidmətə başlayan Şıxlinski hərb sənətinin sirlərinə yiyələnməyə çalışırdı. Bütün bu uğurlu addımlar onu Peterburq artilleriya məktəbinə gətirdi. 1886-cı ildə həmin məktəbi əla qiymətlərlə bitirən Ə. Şıxlinski 1904-1905-ci illər rus-yapon müharibəsində batareya komandiri kimi ön cəbhədə qəhrəmanlıqla vuruşmağa başladı. Port-Artur qalasının müdafiəsi zamanı xüsusi şücaət göstərdiyinə görə "Qızıl qılınc"la mükafatlandırıldı.

Müharibədən sonra topçu zabitlər hazırlayan məktəbdə yüksək ixtisaslı hərbçi kimi dərs deməyə başlayan Şıxlinski 1908-ci ildə polkovnik rütbəsi aldı. Hərb elminin daha da dərindən mənimsənilməsi üçün yazdığı, dərs vəsaiti kimi istifadə edilən "Səhra toplarının cəbhədə işlədilməsi" əsəri 1910-cu ildə çap olundu. Bundan əlavə, onun "Şıxlinski üçbucağı", "Şıxlinski formulu" adlı hərbi yenilikləri topçu zabitlər üçün hazırlanmış dərsliklərə daxil edildi. Bütün bu xidmətlərinə görə gənc hərbçiyə 1912-ci ildə general-mayor rütbəsi verildi. Beləcə o, Azərbaycanın ilk hərbi generallarından oldu, çar ordusunun aparıcı mütəxəssislərindən birinə çevrildi.

1914-cü ildə baş verən I dünya müharibəsi zamanı Petroqrad şəhərinin artilleriya müdafiəsi general Əliağa Şıxlinskiyə tapşırıldı. Sonralar Qərb cəbhəsi artilleriya qoşunlarının rəisi, 1917-ci ilin sentyabrından isə 10-cu ordunun komandanı təyin olundu.

1918-ci il may ayının 28-də Azərbaycan Demokratik Respublikasının yaranması Əliağa Şıxlinskini vətəninə qayıtmağa məcbur etdi. 1918-ci ilin dekabr ayında dövlətin hərbi işi Azərbaycanın iki görkəmli oğluna tapşırıldı. Artilleriya general-leytenantı Səməd bəy Mehmandarov Azərbaycanın hərbi naziri, daha bir artilleriya general-leytenantı Əliağa Şıxlinski isə hərbi nazirin müavini təyin edildi. Qısa zaman ərzində bu iki şəxsiyyətin gərgin səyləri ilə Azərbaycan ordusu yaradıldı. Ordunun xeyli cəbbəxanası formalaşdı.

1920-ci il aprel ayının 27-də imperiya ordusu Azərbaycanı işğal edəndə Səməd bəy Mehmandarov xəstə olduğu üçün nazir vəzifəsini Əliağa Şıxlinski icra edirdi. Düşmən öz hiyləgərliyindən istifadə edərək müqavimətsiz təslim olmaq üçün gənc Azərbaycan Demokratik Respublikasına altı şərt irəli sürdü. Bu şərtlərdən biri də Azərbaycan ordusunun ləğv olunmaması idi. Əliağa Şıxlinski qan tökülməsinin qarşısını almaq üçün, həm də 72 minlik qoşunla vuruşmağın mümkünsüz olduğunu nəzərə alaraq minalanmış körpülərin partladılmasına icazə vermədi. İşğaldan sonra isə imperiya yetkililəri verdikləri sözlərə əməl etmədilər. Azərbaycan ordusu hissə-hissə dağıdıldı. Sovet imperiyası iki dahi şəxsiyyətə - Səməd bəy Mehmandarova və Əliağa Şıxlinskiyə isə toxunmadı. Ən azı ona görə ki, hərbi ixtisasçı kimi onlar əvəzolunmaz idi.

Şıxlinski Moskvada Hərbi İnqilab Sovetinin səhra Qərargahında çalışdı. 1921-ci ilin yayında isə o, Azərbaycan Sovet Qoşunları Qərargahına göndərildi. Bir müddət Bakı Qarnizonu Hərbi Elmi Cəmiyyətinin sədr müavini işləyən general, sonradan Qafqaz Ordusu Hərbi İnqilab Şurası yanında Azərbaycan Hərbi Nəşriyyat Kollegiyasının sədri kimi çalışmağa başladı. 1924-cü ildə isə Birləşmiş Hərbi Komanda Heyəti Məktəbinə rəis müavini təyin edildi.

1928-ci ildə "Rusca-Azərbaycanca qısa hərbi lüğət" çap etdirən Şıxlinski məhz buna görə SSRİ Hərbi İnqilab Şurasının Fəxri Fərmanı ilə təltif edildi. 1929-cu ildən istefaya çıxan general-leytenant Əliağa Şıxlinski bir çox orden və medallarla (I-IV dərəcə Anna, I-III dərəcə müqəddəs Stanislav, II-IV dərəcə Vladimir, IV dərəcə Georgi ordenləri), o cümlədən Fransanın yüksək hərbi ordenləri ilə təltif olunmuşdur.

Əliağa Şıxlinski 18 avqust 1943-cü ildə Bakıda vəfat etmişdir.